Изначально автомобиль использовал кузов М-408, фактически являясь его «люксовой» версией. Однако, одновременно с освоением новой модели началась и разработка нового кузова для неё. При этом была поставлена цель максимальной унификации с существующим кузовом, так что задача перед дизайнерами стояла действительно сложная: не меняя общей конструкции кузова, придать автомобилю иное визуальное восприятие по сравнению с предшественником.
С поставленной задачей дизайнеры МЗМА справились. Обе модели (и −408, и −412) получили новый кузов, в который без переделок могли быть установлены оба имевшихся в производстве двигателя — 408Э или 412 (с декабря 1969 года). Оконечности нового кузова представляли собой деформируемые зоны безопасности («crumple zones»), предназначенные для смягчения удара при аварии — конструкция, по тем временам относительно недавно вошедшая в практику европейских автомобилестроителей (один из первых примеров использования — Mercedes-Benz «Heckflosse» W111 1959 года, остальные производители ввели этот приём в практику в течение 1960-х — 1970-х годов, например, Volvo — в 1967 году). Новый кузов в полной мере удовлетворял требованиям пассивной безопасности тех лет, что было подтверждено сертификационными испытаниями во Франции. Поэтому к обозначению были добавлены буквы И и Э, означающие соответствие уставновленным ЕЭК ООН нормам пассивной безопасности и возможность экспортирования. Автомобиль стал штатно комплектоваться ремнями безопасности (конец 1969 года), элементы салона стали травмобезопасными, с мягкими накладками (с февраля 1969 года).
Москвич-412ИЭ стал первым советским автомобилем, на котором вопросам пассивной безопасности было уделено серьёзное внимание. Двухконтурная система тормозов же (с 1969 года) серьёзно улучшила активную безопасность автомобиля. В 1974 (1972 ?) году появились клыки на бамперах, также являющиеся элементом пассивной безопасности — они предотвращали «подныривание» машины под препятствие.
Визуальная новизна обеспечивалась применением горизонтальных фонарей с треугольными указателями поворота сзади и прямоугольных фар производства ГДР (так же ставились на автомобили Wartburg 353). На конечном варианте были декоративные плавники, символизирующие преемственность дизайна автомобилей марки, поворотники вытянулись и заняли места под фарами, а решетка радиатора стала клетчатой. В серию такие машины пошли на Ижевском заводе — в 1968 году, на МЗМА — с декабря 1969 года. Параллельно, автомобиль получил салон с раздельными передними сидениями (с января 1968 года) и рычаг коробки передач в полу (с ноября 1968 года). На протяжении всего выпуска в конструкцию автомобиля вносились и другие, менее заметные изменения и улучшения.
С 1969 года М-412ИЭ стал базовой моделью Московского завода, при этом выпуск М-408 был сохранен.
Однако, модернизированный автомобиль сохранял главный недостаток своего предшественника — недостаточную ширину, что, помимо снижения комфортабельности, в сочетании с немалой высотой, довольно высоким расположением центра тяжести и зависимой рессорной задней подвеской вредило устойчивости и управляемости «Москвича».
В 1971 году завод МЗМА претерпел реконструкцию, после пуска нового конвейера, объём выпуска «Москвичей» увеличился почти в два раза.
В том же году инетерьер Москвичей (и −408ИЭ, и −412ИЭ) прошёл небольшую модернизацию: панель приборов вместо нескольких отдельных мягких накладок получила одну общую, появились новые обшивки дверей, внутренние ручки, и т. д.
Москвич-3-5-3 — одна из первых попыток разработать автомобиль на смену семейству 408—412 (1970 год).
Логика и предшествующая история завода АЗЛК/МЗМА давали возможность воспринимать модель −412ИЭ как переходную: подновленный кузов в сочетании с приципиально новыми агрегатами. Именно таким образом, за счёт «переходных» серий, происходила смена поколений на МЗМА в 1950-е — 60-е годы. Однако, несмотря на многочисленные попытки заводских конструкторов в начале 1970-х спроектировать автомобиль, сочетающий новый, современный кузов и механику модели −412 (см. Москвичи серии 3-5 и Москвичи серии С), замена «412-му» семейству фактически появилась только в 1980-е годы, и это был уже совершенно другой автомобиль, — Москвич-2141, переднеприводный хэтчбэк, созданный на базе кузова французской «Симки» и уже устаревшего к тому времени двигателя УЗАМ.
